|
|
| TBB6025 | Protein ve Yolak Analizi | 2+2+0 | AKTS:7.5 | | Yıl / Yarıyıl | Bahar Dönemi | | Ders Duzeyi | Doktora | | Yazılım Şekli | Seçmeli | | Bölümü | BİYOİSTATİSTİK ve TIP BİLİŞİMİ ANABİLİM DALI | | Ön Koşul | Yok | | Eğitim Sistemi | Yüz yüze , Uygulama | | Dersin Süresi | 14 hafta - haftada 2 saat teorik ve 2 saat uygulama | | Öğretim Üyesi | -- | | Diğer Öğretim Üyesi | Dr. Öğr. Üyesi Cihan İNAN, Dr. Öğr. Üyesi Uğur UZUNER | | Öğretim Dili | Türkçe | | Staj | Yok | | | | Dersin Amacı: | | Ders tamamlandıktan sonra öğrenciler:
Protein Biyoenformatik Veri Tabanlarını ve Kaynaklarını ilaç keşifleri doğrultusunda kullanabilecekler,
Farklı biyoinformatik analizleri için UniProt protein bilgi tabanını kullanabilecekler,
Protein 3D yapı tahmini ve derin analiz yapmak için çeşitli biyoinformatik araçlarını kullanabilecekler,
Hücre sinyal yollarına hem biyolojik hem de sayısal perspektif açıdan nasıl ulaşılacağını ve kullanılacağını anlayacaklar,
Çeşitli insan hastalıklarının gelişiminden sorumlu protein oyuncularını tanımlamak için bilgi tabanlı modeller ve biyoinformatik iş akışları geliştirebileceklerdir. |
| Öğrenim Kazanımları | PÖKK | ÖY | | Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler : | | | | ÖK - 1 : | Proteinlerin yapı-fonksiyon ilişkilerini anlamak | | 1,3 | | ÖK - 2 : | Verilen bir protein sekansını yapıya model ve analiz eder | | 1,3 | | ÖK - 3 : | Proteinlerin ve hastalığa bağlı reseptörlerin 3D yapısal analizini gerçekleştirir | | 1,3 | | ÖK - 4 : | Anahtar düzenleyici proteinleri ve çeşitli farklı hastalıkların rollerini biyoinformatik olarak tanımlamak | | 1,3 | | PÖKK :Program öğrenim kazanımlarına katkı, ÖY : Ölçme ve değerlendirme yöntemi (1: Yazılı Sınav, 2: Sözlü Sınav, 3: Ev Ödevi, 4: Laboratuvar Çalışması/Sınavı, 5: Seminer / Sunum, 6: Dönem Ödevi / Proje),ÖK : Öğrenim Kazanımı | | |
| Biyolojik makromoleküllere ve yapılara giriş; Protein Biyoinformatik Veritabanları; Gen ifadesi düzenleyiciler, promotörler, aktivatörler ve bastırıcılar; Sekanstan yapıya proteinler; Protein katlama ve 3D yapı analysis; Protein yapılarının 3D görselleştirilmesi için PyMOL ve CHIMERA; Proteinlerin 3D yapısının şablona dayalı tahmini; İlaç adaylarının proteinlere moleküler yerleştirilmesi, Hücre sinyal yolları; Sinyal yolları ile ilgili veri kaynakları; KEGG, STRING tabanlı yol analizi, Kanserde sinyal yolları, immünoloji ve gelişim. |
| |
| Haftalık Detaylı Ders Planı | | Hafta | Detaylı İçerik | Önerilen Kaynak | | Hafta 1 | Sinyal yolaklarında rol oynayan biyomolekül tipleri ve sinyal düzenleyici mekanizmalar | | | Hafta 2 | Hücre içi kompartmanlar ve sinyal ağları | | | Hafta 3 | Genomik ve transkriptomik verilerle yolak analizleri | | | Hafta 4 | İnteraktomik analiz araçlarına örnekler | | | Hafta 5 | Metabolomik ve entegre analiz araçlarına örnekler | | | Hafta 6 | Sistem farmakolojisi veri kaynaklarına örnekler | | | Hafta 7 | Sistem farmakolojisi analiz araçlarına örnekler | | | Hafta 8 | Arasınav | | | Hafta 9 | Biyolojik makromolekül ve yapılara giriş | | | Hafta 10 | Protein biyoinformatik veritabanları ve kaynakları, EXPASY | | | Hafta 11 | Farklı biyoinformatik analizler için UniProt protein bilgi bankası | | | Hafta 12 | Gen ifadesi düzenleyicileri, promotörler, aktivatörler ve bastırıcılar | | | Hafta 13 | Diziden yapıya protein katlama; 3D yapı analizleri; PDB veritabanı | | | Hafta 14 | Proteinlerin 3D yapı analizi için PyMOL ve CHIMERA | | | Hafta 15 | AutoDock Vina ile moleküler yerleştirme | | | Hafta 16 | Final sınavı | | | |
| 1 | Juang, T. 2018; Computational Sytems Biology, 1. Baskı, Humana Press. | | | 2 | Mager, DE., Kimko HHC. 2016; Systems Pharmacology and Pharmacodynamics, Springer | | | 3 | Cathy, HW., Cecilia, NA, Karen E.R. 2017; Protein Bioinformatics, Humana Press. | | | |
| 1 | Bizzari, M. 2018; Systems Biology, 1. baskı, Humana Press. | | | 2 | Manca, D. 2018; Quantitative systems Pharmacology, 1. Baskı, Elsevier. | | | |
| Ölçme Yöntemi | | Yöntem | Hafta | Tarih | Süre (Saat) | Katkı (%) | | Arasınav | 8 | 08/04/2019 | 2 | 30 | | Ödev | 12 | 13/05/2019 | 2 | 20 | | Dönem sonu sınavı | 14 | 27/05/2019 | 2 | 50 | | |
| Öğrenci Çalışma Yükü | | İşlem adı | Haftalık süre (saat) | Hafta sayısı | Dönem toplamı | | Yüz yüze eğitim | 4 | 14 | 56 | | Sınıf dışı çalışma | 5 | 14 | 70 | | Arasınav için hazırlık | 2 | 6 | 12 | | Arasınav | 2 | 1 | 2 | | Ödev | 3 | 14 | 42 | | Dönem sonu sınavı için hazırlık | 2 | 16 | 32 | | Dönem sonu sınavı | 2 | 1 | 2 | | Diğer 1 | 4 | 14 | 56 | | Toplam Çalışma Yükü | | | 272 |
|