|
|
| TBB6022 | Next Generation Sequencing | 2+2+0 | AKTS:7.5 | | Yıl / Yarıyıl | Güz Dönemi | | Ders Duzeyi | Doktora | | Yazılım Şekli | Seçmeli | | Bölümü | BİYOİSTATİSTİK ve TIP BİLİŞİMİ ANABİLİM DALI | | Ön Koşul | Yok | | Eğitim Sistemi | Yüz yüze | | Dersin Süresi | 14 hafta - haftada 2 saat teorik ve 2 saat uygulama | | Öğretim Üyesi | -- | | Diğer Öğretim Üyesi | | | Öğretim Dili | İngilizce | | Staj | Yok | | | | Dersin Amacı: | | Bu dersin amacı yeni nesil dizileme teknolojilerinin temel prensiplerinin anlaşılmasıdır. Belirtilen bu prensipler, temel biyolojik uygulamalar, veri işlemenin temelleri, veri analizinde istatistik ve bilgi kuramları, avantajları, sınırlamaları ve farklı metodolojilerin varsayımları ile elde edilen sonuçların biyolojik olarak yorumunu içermektedir |
| Öğrenim Kazanımları | PÖKK | ÖY | | Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler : | | | | ÖK - 1 : | Biyolojik sorunların temellerini anlamak | | | | ÖK - 2 : | Farklı analiz araçlarını uygulayabilme (hizalama, alternatif splicing, varyant isimlendirme (call) gibi) | | | | ÖK - 3 : | Standart veri yapısını anlamak; temel programlama ile ilgili bilgileri edinme | | | | ÖK - 4 : | Farklı biyolojik soruları çözmek için istatistiksel/hesaplamalı modelleri anlama | | | | PÖKK :Program öğrenim kazanımlarına katkı, ÖY : Ölçme ve değerlendirme yöntemi (1: Yazılı Sınav, 2: Sözlü Sınav, 3: Ev Ödevi, 4: Laboratuvar Çalışması/Sınavı, 5: Seminer / Sunum, 6: Dönem Ödevi / Proje),ÖK : Öğrenim Kazanımı | | |
| Haftalık Detaylı Ders Planı | | Hafta | Detaylı İçerik | Önerilen Kaynak | | Hafta 1 | Yeni nesil dizileme teknolojisine genel bakış | | | Hafta 2 | Veri işleme (Analiz akışı, dizi kalite değerlendirmesi, hizalama teorileri, veri formatları, veri görselleştirme) | | | Hafta 3 | DNA Dizileme-I
- Genetik varyasyon nedir?
- Kompleks hastalıklarda dizilemenin önemi nedir ve araştırmalar nelerdir?
- Yeni nesil dizileme ve kompleks hastalıkların genetiği (etiyoloji)
- Yeni nesil dizileme ve kişisel genom sıralama
- Bütün genom dizilemesi vb.
| | | Hafta 4 | DNA Dizileme-II: DNA-dizi analizi için biyoinformatik konular | | | Hafta 5 | SOLiD platformu için kütüphane hazırlama protokollerinin temelleri
(İmkân dâhilinde Tıbbi Genom Dizileme Merkezine gezi düzenleme)
| | | Hafta 6 | FIA ve PD'de exome dizilemesi
DNA Dizileme-III
- Genetik varyantların öncelik sırasını belirleme
- Benzeşmeyen varyantalar (SIFT, PolyPhen)
- Benzeşen varyantlar
- Düzenleyici varyantlar
- Nadir varyasyonlarda istatistiksel yöntemler
| | | Hafta 7 | RNA Dizileme-I
- RNA dizileme deneyleri üzerinde biyolojik teoriler
- Hizalama
- Gen ekspresyon analizi vb.
| | | Hafta 8 | Ara sınav | | | Hafta 9 | RNA Dizileme-II
- Diferansiyel ekspresyon analizi
- Alternatif splicing
| | | Hafta 10 | RNA Dizileme-III
- Transkript varyasyonu
- Allele özgü ekspresyon
- RNA düzenleme
- smRNA
| | | Hafta 11 | ChIP Dizileme-I: ChIP-seq analizinde biyolojik teoriler | | | Hafta 12 | ChIP Dizileme-II: Deneysel ve Biyoenformatik Değerlendirmeler
- DNA fragment değerlendirmesi
- Pik tanımlama
- İki durum karşılaştırması
- Doygunluk analizi
- Motif bulma ve ilgili teoriler
| | | Hafta 13 | ChIP Dizileme-III: ChIP dizi analizinde biyoinformatik konular
- DNA metilasyonu
- İstatistiksel değerlendirmeler
- Biyoinformatik araçlar
- Histon modifikasyonu
- Deneysel yaklaşımlar
- İstatistiksel değerlendirmeler
- Hidden Markov modeli ile histon göstergelerini açıklama
| | | Hafta 14 | Genel tekrar | | | Hafta 15 | Öğrenci sunumları | | | Hafta 16 | Final sınavı | | | |
| 1 | Algorithms for Next-Generation Sequencing Sung W.K.CRC Press 2017 | | | 2 | Bioinformatics: A Practical Handbook Of Next Generation Sequencing and Its Applications Spector P. 2016 | | | |
| Ölçme Yöntemi | | Yöntem | Hafta | Tarih | Süre (Saat) | Katkı (%) | | Arasınav | 8 | | 1 | 40 | | Ödev | 15 | | 1 | 10 | | Dönem sonu sınavı | 16 | | 2 | 50 | | |
| Öğrenci Çalışma Yükü | | İşlem adı | Haftalık süre (saat) | Hafta sayısı | Dönem toplamı | | Yüz yüze eğitim | 4 | 13 | 52 | | Sınıf dışı çalışma | 2 | 14 | 28 | | Arasınav için hazırlık | 2 | 7 | 14 | | Arasınav | 2 | 1 | 2 | | Ödev | 4 | 5 | 20 | | Dönem sonu sınavı için hazırlık | 2 | 16 | 32 | | Dönem sonu sınavı | 2 | 1 | 2 | | Toplam Çalışma Yükü | | | 150 |
|