|
|
| SEC 311 | Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı | 1+0+0 | AKTS:2 | | Yıl / Yarıyıl | Güz Dönemi | | Ders Duzeyi | Lisans | | Yazılım Şekli | Seçmeli | | Bölümü | DİŞ HEKİMLİĞİ BÖLÜMÜ | | Ön Koşul | Yok | | Eğitim Sistemi | Yüz yüze | | Dersin Süresi | 14 hafta - haftada 1 saat teorik | | Öğretim Üyesi | Öğr. Gör. Dr Ercüment YILMAZ | | Diğer Öğretim Üyesi | Öğr. Gör. Dr. Ercüment YILMAZ | | Öğretim Dili | Türkçe | | Staj | Yok | | | | Dersin Amacı: | | Önceden tanımlanmış yapı-aktivite ilişkilerinden yararlanarak, farmakolojik aktivitesi öngörülebilen potansiyel ilaç moleküllerinin bilgisayar destekli ilaç tasarımı yöntemleri ile belirlenmesidir. |
| Öğrenim Kazanımları | BPKK | ÖY | | Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler : | | | | ÖK - 1 : | Bilgisayar destekli ilaç tasarımı hakkında genel bilgiler edinir | 1,6 | 1, | | ÖK - 2 : | Bilgisayar destekli ilaç tasarımı yöntemlerinden "Yapı Temelli İlaç Tasarımı" hakkında teorik bilgi sahibi olur. | 1,6 | 1, | | ÖK - 3 : | Bilgisayar destekli ilaç tasarımı yöntemlerinden "Ligand Temelli İlaç Tasarımı" hakkında teorik bilgi sahibi olur. | 1,6 | 1, | | ÖK - 4 : | Ligand Temelli İlaç Tasarımı: QSAR hakkında teorik bilgi sahibi olur | 1,6 | 1, | | ÖK - 5 : | De novo İlaç tasarımı hakkında teorik bilgi sahibi olur | 1,6 | 1, | | ÖK - 6 : | Küçük kimyasal molekül kütüphaneleri (ChEMBL,ZINC,PubChem) ve veri formatlarını (smiles, mol, pdb) öğrenir | 1,6 | 1, | | ÖK - 7 : | İn siliko ADME analizi ve uygulamalarını (Swiss- ADME) öğrenir | 1,6 | 1, | | ÖK - 8 : | Moleküler Kenetleme simulasyonu ve uygulamalarını (AutoDock Tools, AGFR) kullanmayı öğrenir | 1,6 | 1, | | ÖK - 9 : | Moleküler Kenetleme simulasyonu ve uygulamalarını (AutoDock Tools, AGFR) kullanarak aday bir molekülün hedef bir yapı ile (protein) simülasyonunu gerçekleştirip bağlanma enerjisini hesaplar. Birden fazla molekül arasından hedef yapıya en iyi bağlanacak ligandı belirler. | 1,6 | 1, | | ÖK - 10 : | Bilgisayara destekli ilaç tasarımında makine öğrenmesi uygulamaları hakkında genel bilgi sahibi olur. | 1,7 | 1, | | BPKK :Bölüm program kazanımlarına katkı, ÖY : Ölçme ve değerlendirme yöntemi (1: Yazılı Sınav, 2: Sözlü Sınav, 3: Ev Ödevi, 4: Laboratuvar Çalışması/Sınavı, 5: Seminer / Sunum, 6: Dönem Ödevi / Proje),ÖK : Öğrenim Kazanımı | | |
| Var olanlardan daha güçlü, daha az toksik ve yan etkileri en aza indirilmiş, yararlı terapötik bileşikler geliştirmeye yönelik bilgisayar destekli yöntemleri içermektedir. |
| |
| Haftalık Detaylı Ders İçeriği | | Hafta | Detaylı İçerik | Önerilen Kaynak | | Hafta 1 | Bilgisayar destekli ilaç tasarımına genel bakış | | | Hafta 2 | Bilgisayar destekli ilaç tasarım yöntemleri- Yapı Temelli İlaç Tasarımı | | | Hafta 3 | Yapı Temelli İlaç Tasarımı:Moleküler kenetlenme yöntemi (arama algoritmaları, skorlama fonksiyonları) | | | Hafta 4 | Bilgisayar destekli ilaç tasarım yöntemleri- Ligand Temelli İlaç Tasarımı | | | Hafta 5 | Ligand Temelli İlaç Tasarımı: Farmakofor | | | Hafta 6 | Ligand Temelli İlaç Tasarımı: QSAR | | | Hafta 7 | De novo İlaç Tasarımı | | | Hafta 8 | Küçük kimyasal molekül kütüphaneleri (ChEMBL,ZINC,PubChem), veri formatları (smiles, mol, pdb) -1 | | | Hafta 9 | Küçük kimyasal molekül kütüphaneleri (ChEMBL,ZINC,PubChem), veri formatları (smiles, mol, pdb) - 2 | | | Hafta 10 | Küçük kimyasal moleküllerin bilgisayarda gösterimi,çizimi ve konformasyon analizleri | | | Hafta 11 | İn siliko ADME analizi ve uygulaması (Swiss- ADME) | | | Hafta 12 | Moleküler Kenetleme simulasyonu ve uygulaması (AutoDock Tools, AGFR) - 1 | | | Hafta 13 | Moleküler Kenetleme simulasyonu ve uygulaması (AutoDock Tools, AGFR) - 2 | | | Hafta 14 | Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımında Makine Öğrenmesi Uygulamaları | | | Hafta 15 | Arasınav | | | Hafta 16 | Final | | | |
| 1 | Andrew Leach, "Molecular Modelling : Principles and Applications- Second Edition", Pearson, 2021 | | | |
| 1 | Ruth Huey, Garrett M. Morris, Stefano Forli, "Using AutoDock 4 and AutoDock Vina with AutoDockTools: A Tutorial", The Scripps Research Institute Molecular Graphics Laboratory 10550 N. Torrey Pines Rd. La Jolla, California 92037-1000 USA, 2012 | | | |
| Ölçme Yöntemi | | Yöntem | Hafta | Tarih | Süre (Saat) | Katkı (%) | | Arasınav | 15 | 29.12.2023 | 00 | 50 | | Dönem sonu sınavı | 16 | 10.01.2024 | | 50 | | |
| Öğrenci Çalışma Yükü | | İşlem adı | Haftalık süre (saat) | Hafta sayısı | Dönem toplamı | | Yüz yüze eğitim | 1 | 14 | 14 | | Arasınav | 1 | 1 | 1 | | Dönem sonu sınavı | 1 | 1 | 1 | | Toplam Çalışma Yükü | | | 16 |
|