|
|
| SEC 311 | Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı | 1+0+0 | AKTS:2 | | Yıl / Yarıyıl | Güz Dönemi | | Ders Duzeyi | Lisans | | Yazılım Şekli | Seçmeli | | Bölümü | DİŞ HEKİMLİĞİ BÖLÜMÜ | | Ön Koşul | Yok | | Eğitim Sistemi | Yüz yüze | | Dersin Süresi | 14 hafta - haftada 1 saat teorik | | Öğretim Üyesi | Dr. Öğr. Üyesi Ercüment YILMAZ | | Diğer Öğretim Üyesi | Doç.Dr. Gizem TATAR YILMAZ | | Öğretim Dili | Türkçe | | Staj | Yok | | | | Dersin Amacı: | | Bu dersin amacı, farmakolojik etkisi öngörülebilen potansiyel ilaç adaylarının keşfinde bilgisayar destekli ilaç tasarımı (BDİT) yöntemlerini kullanarak yapı-aktivite ilişkilerinden yararlanmayı öğretmektir. Yapı-temelli ve ligand-temelli yaklaşımlar temel alınarak, potansiyel terapötik moleküllerin in silico yöntemlerle belirlenmesi, analiz edilmesi ve değerlendirilmesi hedeflenir. Öğrenciler, güncel bilimsel literatürü etkin biçimde tarayarak araştırma konularını belirlemeyi, açık erişimli veri tabanları ve yazılımlarla proje geliştirmeyi öğrenir. Ders, diş hekimliği alanında klinik ihtiyaçlara yönelik ilaç geliştirme çalışmalarına katkı sağlayacak nitelikte projelerin hazırlanmasını teşvik eder. |
| Öğrenim Kazanımları | PÖKK | ÖY | | Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler : | | | | ÖK - 1 : | Bilgisayar destekli ilaç tasarımı hakkında genel bilgiler edinir | 1,6 | 1, | | ÖK - 2 : | Bilgisayar destekli ilaç tasarımı yöntemlerinden "Yapı Temelli İlaç Tasarımı" hakkında teorik bilgi sahibi olur. | 1,6 | 1, | | ÖK - 3 : | Bilgisayar destekli ilaç tasarımı yöntemlerinden "Ligand Temelli İlaç Tasarımı" hakkında teorik bilgi sahibi olur. | 1,6 | 1, | | ÖK - 4 : | Ligand Temelli İlaç Tasarımı ve De novo İlaç tasarımı hakkında teorik bilgi sahibi olur | 1,6 | 1, | | ÖK - 5 : | Küçük kimyasal molekül kütüphaneleri (ChEMBL,ZINC,PubChem) ve veri formatlarını (smiles, mol, pdb) öğrenir | 1,6 | 1, | | ÖK - 6 : | İn siliko ADME analizi ve uygulamalarını (Swiss- ADME) öğrenir | 1,6 | 1, | | ÖK - 7 : | Moleküler Kenetleme simulasyonu ve uygulamalarını (AutoDock Tools, AGFR) kullanmayı öğrenir | 1,6 | 1, | | ÖK - 8 : | Moleküler Kenetleme simulasyonu ve uygulamalarını (AutoDock Tools, AGFR) kullanarak aday bir molekülün hedef bir yapı ile (protein) simülasyonunu gerçekleştirip bağlanma enerjisini hesaplar. Birden fazla molekül arasından hedef yapıya en iyi bağlanacak ligandı belirler. | 1,6 | 1, | | ÖK - 9 : | Bilgisayar destekli ilaç tasarımında ve diş hekimliğinde makine öğrenmesi uygulamaları hakkında genel bilgi sahibi olur. | 1,6 | 1, | | ÖK - 10 : | Etkin literatür tarama tekniklerini öğrenir, proje yönetim tekniklerini öğrenir. | 1,7 | 1, | | PÖKK :Program öğrenim kazanımlarına katkı, ÖY : Ölçme ve değerlendirme yöntemi (1: Yazılı Sınav, 2: Sözlü Sınav, 3: Ev Ödevi, 4: Laboratuvar Çalışması/Sınavı, 5: Seminer / Sunum, 6: Dönem Ödevi / Proje),ÖK : Öğrenim Kazanımı | | |
| Bu ders, diş hekimliği alanında tedaviye yönelik yeni terapötik ajanların geliştirilmesinde kullanılan bilgisayar destekli ilaç tasarımı (BDİT) yaklaşımlarını kapsamaktadır. Yapı temelli ve ligand temelli ilaç tasarımı yöntemlerine odaklanılarak, moleküler kenetlenme, de novo ilaç tasarımı, konformasyon analizi, ADME tahmini ve moleküler modelleme teknikleri ele alınır. Ayrıca, kimyasal bileşik veri tabanları, veri formatları ve yazılımlar (AutoDock Tools, AGFR, SwissADME) aracılığıyla uygulamalı analizler yapılır. Diş hekimliğine özgü klinik problemler bağlamında makine öğrenmesi tekniklerinin bilgisayar destekli ilaç geliştirme süreçlerinde nasıl kullanılabileceği incelenir. Ders, literatür tarama becerileri ve proje yönetim teknikleri ile tamamlanır. Amaç, toksisitesi düşük, etkili ve hedefe özgü yeni ilaç adaylarının geliştirilmesinde gerekli teorik ve pratik bilgi donanımını sağlamaktır. |
| |
| Haftalık Detaylı Ders Planı | | Hafta | Detaylı İçerik | Önerilen Kaynak | | Hafta 1 | Bilgisayar destekli ilaç tasarımına genel bakış | | | Hafta 2 | Bilgisayar destekli ilaç tasarım yöntemleri- Yapı Temelli İlaç Tasarımı | | | Hafta 3 | Yapı Temelli İlaç Tasarımı:Moleküler kenetlenme yöntemi (arama algoritmaları, skorlama fonksiyonları) | | | Hafta 4 | Bilgisayar destekli ilaç tasarım yöntemleri- Ligand Temelli İlaç Tasarımı | | | Hafta 5 | De novo İlaç Tasarımı | | | Hafta 6 | Küçük kimyasal molekül kütüphaneleri (ChEMBL,ZINC,PubChem), veri formatları (smiles, mol, pdb) | | | Hafta 7 | Küçük kimyasal moleküllerin bilgisayarda gösterimi,çizimi ve konformasyon analizleri | | | Hafta 8 | İn siliko ADME analizi ve uygulaması (Swiss- ADME) | | | Hafta 9 | Moleküler Kenetleme simulasyonu ve uygulaması (AutoDock Tools, AGFR) - 1 | | | Hafta 10 | Moleküler Kenetleme simulasyonu ve uygulaması (AutoDock Tools, AGFR) - 2 | | | Hafta 11 | Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımında ve Diş Hekimliğinde Makine Öğrenmesi Uygulamaları | | | Hafta 12 | Etkin Literatür Taraması | | | Hafta 13 | Proje Yönetim Teknikleri-1 | | | Hafta 14 | Proje YönetimTeknikleri-2 | | | Hafta 15 | Arasınav | | | Hafta 16 | Final | | | |
| 1 | Andrew Leach, "Molecular Modelling : Principles and Applications- Second Edition", Pearson, 2021 | | | |
| 1 | Ruth Huey, Garrett M. Morris, Stefano Forli, "Using AutoDock 4 and AutoDock Vina with AutoDockTools: A Tutorial", The Scripps Research Institute Molecular Graphics Laboratory 10550 N. Torrey Pines Rd. La Jolla, California 92037-1000 USA, 2012 | | | |
| Ölçme Yöntemi | | Yöntem | Hafta | Tarih | Süre (Saat) | Katkı (%) | | Arasınav | 15 | 15.05.2025 | 1 | 50 | | Dönem sonu sınavı | 16 | 19.06.2025 | | 50 | | |
| Öğrenci Çalışma Yükü | | İşlem adı | Haftalık süre (saat) | Hafta sayısı | Dönem toplamı | | Yüz yüze eğitim | 1 | 14 | 14 | | Arasınav | 1 | 1 | 1 | | Dönem sonu sınavı | 1 | 1 | 1 | | Toplam Çalışma Yükü | | | 16 |
|