|
|
| MBTZ5033 | Computational Biology | 3+0+0 | AKTS:7.5 | | Yıl / Yarıyıl | Bahar Dönemi | | Ders Duzeyi | Yüksek Lisans(Tezli) | | Yazılım Şekli | Seçmeli | | Bölümü | BİYOTEKNOLOJİ (DİSİPLİNLERARASI) ANABİLİM DALI | | Ön Koşul | Yok | | Eğitim Sistemi | Yüz yüze | | Dersin Süresi | 14 hafta - haftada 3 saat teorik | | Öğretim Üyesi | Dr. Öğr. Üyesi Cihan İNAN | | Diğer Öğretim Üyesi | | | Öğretim Dili | İngilizce | | Staj | Yok | | | | Dersin Amacı: | | Öğrencilerin, Bilişimsel biyolojinin esaslarını öğrenmesini, Biyolojik verileri bilgisayar ortamında işlemesini, Bilgisayar dünyası ile canlı bilimin bağlantısını kavrayabilmesini, Ulaşabilir bilgisayar programlarını kullanabilmesini sağlamaktır. |
| Öğrenim Kazanımları | PÖKK | ÖY | | Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler : | | | | ÖK - 1 : | Bilişimsel biyolojinin esaslarını öğrenme | 2,6 | 1,3, | | ÖK - 2 : | Biyolojik verileri bilgisayar ortamında işleme | 2,6 | 1,3, | | ÖK - 3 : | Bilgisayar dünyası ile canlı bilimin bağlantısını kavrayabilme | 2,6 | 1,3, | | ÖK - 4 : | Ulaşabilir bilgisayar programlarını kullanabilme yeteneği kazanırlar | 2,6 | 1,3, | | PÖKK :Program öğrenim kazanımlarına katkı, ÖY : Ölçme ve değerlendirme yöntemi (1: Yazılı Sınav, 2: Sözlü Sınav, 3: Ev Ödevi, 4: Laboratuvar Çalışması/Sınavı, 5: Seminer / Sunum, 6: Dönem Ödevi / Proje),ÖK : Öğrenim Kazanımı | | |
| Bilişimsel biyolojinin esasları; biyolojik veriler için algoritmik dizaynların esasları ve güncel problem ve tekniklerin analizleri; genomlar biyolojik dizi analizleri, gen bulma, RNA katlanmaları, dizi eşleştirme, genom asemblesi, network?lar (gen ifade analizi, düzenleyici motifler, grafiksel algoritmalar, network motifleri) ve evrimsel (karşılaştırmalı genomik, filogenetik, genom duplikasyonu, genom düzenlemeleri, evrim teorisi, hızlı evrimleşme)dataları içeren genomik ve proteomiklerdeki büyük ölçekli çalışmalardan gerçek data setlerinin analizi |
| |
| Haftalık Detaylı Ders Planı | | Hafta | Detaylı İçerik | Önerilen Kaynak | | Hafta 1 | Bilişimsel biyolojinin esasları | | | Hafta 2 | Biyolojik veriler için algoritmik dizaynların esasları | | | Hafta 3 | Biyolojik veriler için güncel problem ve tekniklerin analizleri | | | Hafta 4 | Genomlar biyolojik dizi analizleri | | | Hafta 5 | Gen bulma, RNA katlanmaları, dizi eşleştirme, genom asemblesi | | | Hafta 6 | Network?lar (gen ifade analizi, düzenleyici motifler, grafiksel algoritmalar, network motifleri) | | | Hafta 7 | Biyolojik veritabanları | | | Hafta 8 | Ara sınav | | | Hafta 9 | Karşılaştırmalı genomik | | | Hafta 10 | Filogenetik | | | Hafta 11 | Genom düzenlemeleri | | | Hafta 12 | Hesaplamalı biyoloji için çevrimiçi araçlar | | | Hafta 13 | Hesaplamalı biyoloji için çevrimiçi araçlar | | | Hafta 14 | Hesaplamalı biyoloji için çevrimiçi araçlar | | | Hafta 15 | Öğrenci sunumları | | | Hafta 16 | Dönem sonu sınavı | | | |
| 1 | Computational Biology: Unix/Linux, Data Processing and Programming By: Robbe Wunschiers ISBN: 354021142X | | | |
| Ölçme Yöntemi | | Yöntem | Hafta | Tarih | Süre (Saat) | Katkı (%) | | Arasınav | 8 | 8. hafta | | 30 | | Sunum | 15 | 15. hafta | | 20 | | Dönem sonu sınavı | 16 | 16. hafta | | 50 | | |
| Öğrenci Çalışma Yükü | | İşlem adı | Haftalık süre (saat) | Hafta sayısı | Dönem toplamı | | Yüz yüze eğitim | 3 | 15 | 45 | | Sınıf dışı çalışma | 4 | 15 | 60 | | Arasınav için hazırlık | 4 | 7 | 28 | | Arasınav | 1 | 1 | 1 | | Ödev | 1.5 | 15 | 22.5 | | Dönem sonu sınavı için hazırlık | 3 | 15 | 45 | | Dönem sonu sınavı | 1 | 1 | 1 | | Toplam Çalışma Yükü | | | 202.5 |
|