|
|
| MBGI7090 | Molecular Systematics of Plants | 3+0+0 | AKTS:7.5 | | Yıl / Yarıyıl | Bahar Dönemi | | Ders Duzeyi | Doktora | | Yazılım Şekli | Seçmeli | | Bölümü | MOLEKÜLER BİYOLOJİ ve GENETİK ANABİLİM DALI | | Ön Koşul | Yok | | Eğitim Sistemi | Yüz yüze | | Dersin Süresi | 14 hafta - haftada 3 saat teorik | | Öğretim Üyesi | Doç. Dr. Murat Erdem GÜZEL | | Diğer Öğretim Üyesi | Prof. Dr. Yusuf BEKTAŞ | | Öğretim Dili | İngilizce | | Staj | Yok | | | | Dersin Amacı: | | Jacknife, Parsimony, Likelihood ve Bayesian teknikleri dahil olmak üzere bitki filogenetiğinde ağaç çıkarımının temel yöntemlerinin güncellenmiş biyoinformatik araçlarla öğrenilmesi. Öğrenilen becerilerin bitkilerde yeni üretilen DNA dizileri üzerinde uygulanması. Karakter gelişimi hakkında genel bilgi edinme. |
| Öğrenim Kazanımları | PÖKK | ÖY | | Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler : | | | | PÖKK :Program öğrenim kazanımlarına katkı, ÖY : Ölçme ve değerlendirme yöntemi (1: Yazılı Sınav, 2: Sözlü Sınav, 3: Ev Ödevi, 4: Laboratuvar Çalışması/Sınavı, 5: Seminer / Sunum, 6: Dönem Ödevi / Proje),ÖK : Öğrenim Kazanımı | | |
| Bu ders bitkiler arasında baştan sona filogenetik analizleri kapsar. Bu ders öğrencilere bitkilerde filogenetik analizlere nasıl başlanacağı, örnekleme nasıl karar verileceği, analizlerin nasıl yapılacağı, sonuçların nasıl yorumlanacağı, ağaçların nasıl örnekleneceği ve en önemlisi karakter evriminin ne olduğu hakkında detaylı bilgiler vermektedir. |
| |
| Haftalık Detaylı Ders Planı | | Hafta | Detaylı İçerik | Önerilen Kaynak | | Hafta 1 | Bitki Filogenetiğinde genel terimler, kişisel dizüstü bilgisayarlara gerekli yazılımların yüklenmesi | | | Hafta 2 | Bitki Filogenetik Analizi İçin Yaklaşım ve Uygun Gen Seçimi | | | Hafta 3 | Ham dizilerin düzenlenmesi ve verilerin motif tabanlı metodolojiye dayalı olarak yeniden düzenlenmesi | | | Hafta 4 | PCR Tabanlı Yöntemlerin Bitki Sistematiğine ve Evrimsel Biyolojiye Katkıları | | | Hafta 5 | Nüukleotid substitusyon modelleri ve belirli bir alignment için en uygun substitusyon modelinin belirlenmesi | | | Hafta 6 | Moleküler Filogenetikte Homoloji: Parsimony bakış açısı | | | Hafta 7 | Nükleotid Dizi Verilerini Kullanarak Parsiomiye alternatif olarak maximum likelihood metoduyla filogeni | | | Hafta 8 | MrBayes'de Bayesian metoduyla filogenetik analizlerin gerçekleştirilmesi | | | Hafta 9 | Ara Sınav | | | Hafta 10 | Analizlerden elde edilen sonuçların gösterimi ve yorumlanması | | | Hafta 11 | Bitkilerde atasal karakter analizleri | | | Hafta 12 | Bitkilerle ilgili güncel filogenetik makale incelemesi | | | Hafta 13 | Öğrencilerin kendi verilerine analizlerin gerçekleştirilmesi | | | Hafta 14 | Seminer | | | Hafta 15 | Öğrencilerin kendi sonuçlarının yorumlanması | | | Hafta 16 | Yarıyıl Sonu Sınavı | | | |
| 1 | D.E. Soltis, P.S. Soltis, J.J. Doyle 1998; Molecular systematics of plants II: DNA sequencing, Kluwer Academic, Boston | | | |
| 1 | P. Lemey, M. Salemi, A.M. Vandamme, 2009; The Phylogenetic Handbook. A practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, Cambridge University Press, Cambridge | | | |
| Ölçme Yöntemi | | Yöntem | Hafta | Tarih | Süre (Saat) | Katkı (%) | | Arasınav | 9 | 16.04.2024 | 2 | 30 | | Sunum | 12 | 07.05.2024 | 1 | 20 | | Dönem sonu sınavı | 16 | 04.06.2004 | 2 | 50 | | |
| Öğrenci Çalışma Yükü | | İşlem adı | Haftalık süre (saat) | Hafta sayısı | Dönem toplamı | | Yüz yüze eğitim | 3 | 14 | 42 | | Sınıf dışı çalışma | 3 | 16 | 48 | | Arasınav için hazırlık | 3 | 8 | 24 | | Arasınav | 2 | 1 | 2 | | Ödev | 1.5 | 16 | 24 | | Proje | 1.5 | 16 | 24 | | Dönem sonu sınavı için hazırlık | 3 | 8 | 24 | | Dönem sonu sınavı | 2 | 1 | 2 | | Toplam Çalışma Yükü | | | 190 |
|