|
|
| MBG3034 | Moleküler Biyolojide Web Uygulamaları | 2+2+0 | AKTS:4 | | Yıl / Yarıyıl | Bahar Dönemi | | Ders Duzeyi | Lisans | | Yazılım Şekli | Zorunlu | | Bölümü | MOLEKÜLER BİYOLOJİ ve GENETİK BÖLÜMÜ | | Ön Koşul | Yok | | Eğitim Sistemi | Yüz yüze , Uygulama | | Dersin Süresi | 14 hafta - haftada 2 saat teorik ve 2 saat uygulama | | Öğretim Üyesi | Doç. Dr. Halil İbrahim GÜLER | | Diğer Öğretim Üyesi | Yok | | Öğretim Dili | Türkçe | | Staj | Yok | | | | Dersin Amacı: | | Bu derste öğrencilerin biyolojik verilerin işlenmesi, moleküler biyolojide web tabanlı uygulama ve algoritmaların kullanımını öğrenmesi hedeflenmektedir. Proteinlerin üç boyutlu yapısının belirlenmesine yönelik uygulamalar, protein-ligand etkileşimleri, genomik sekansların işlenmesi ve anlamlandırılması da bu dersin hedefleri arasında yer almaktadır. |
| Öğrenim Kazanımları | PÖKK | ÖY | | Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler : | | | | ÖK - 1 : | Biyolojik veri tabanlarını protein ve genom dizi bilgilerine erişim amacıyla kullanabilir. | 5,8 | 1,4, | | ÖK - 2 : | FASTA dosya biçimini tanır, düzenleme yapabilir ve BLAST algoritmasını kullanarak dizileri sıralayabilir. | 5,8 | 1,4, | | ÖK - 3 : | Protein Data Bank üzerinde depolanan 3 boyutlu protein yapılarını araştırabilir ve 3 boyutlu yapı tahmini amacıyla protein dizi karşılaştırmaları yapabilir. | 5,8 | 1,4, | | ÖK - 4 : | Homoloji modelleme metodları ve uygulamalarını bilir ve bu amaçla 3 boyutlu yapı tahmini yapabilir | 5,8 | 1,4, | | ÖK - 5 : | Protein-ligand etkileşimlerini araştırmak üzere ligand veritabanları üzerinde deneysel veri tarama yapabilir. | 5,8 | 1,4, | | ÖK - 6 : | Benchling web sitesi üzerinde bir proje geliştirebilir. | 5,8 | 1,4, | | ÖK - 7 : | Karmaşık genom verilerini kullanarak düzenleyebilir.
| 5,8 | 1,4, | | ÖK - 8 : | Proteinlerin fiziko-kimyasal özelliklerini ve translasyon sonrası modifikasyonlarını belirleyebilir | 5,8 | 1,4, | | PÖKK :Program öğrenim kazanımlarına katkı, ÖY : Ölçme ve değerlendirme yöntemi (1: Yazılı Sınav, 2: Sözlü Sınav, 3: Ev Ödevi, 4: Laboratuvar Çalışması/Sınavı, 5: Seminer / Sunum, 6: Dönem Ödevi / Proje),ÖK : Öğrenim Kazanımı | | |
| Moleküler biyoloji deneylerinin simülasyonu amacıyla kullanılabilecek web uygulamlarının öğrenilmesi, protein 3 boyutlu görüntülemeleri ve tahmininin yapılması, genomik sekans verileri kullanılarak ileri analizler yapılması. |
| |
| Haftalık Detaylı Ders Planı | | Hafta | Detaylı İçerik | Önerilen Kaynak | | Hafta 1 | Biyolojik diziler ve dosya formatları
| | | Hafta 2 | Biyolojik Veritabanları ve Dizilere Erişim
| | | Hafta 3 | Protein Data Bank ve Protein 3 boyutlu yapısının deneysel belirlenmesi
| | | Hafta 4 | BLAST Algoritması ve Uygulamaları
| | | Hafta 5 | BLAST Algoritması ve Uygulamaları
| | | Hafta 6 | Protein 3 Boyutlu yapı tahmin metodları ve Uygulamaları
| | | Hafta 7 | Protein-ligand etkileşimi ve uygulamaları
| | | Hafta 8 | Protein-ligand etkileşimi ve uygulamaları
| | | Hafta 9 | Arasınav
| | | Hafta 10 | Docking Uygulamaları
| | | Hafta 11 | Docking Uygulamaları
| | | Hafta 12 | Benchling web sitesi ve uygulamaları
| | | Hafta 13 | Benchling kullanılarak genom analizleri | | | Hafta 14 | CRISPR çalışmaları ve web uygulamalarının kullanımı
| | | Hafta 15 | Genel değerlendirme
| | | Hafta 16 | Dönem Sonu Sınavı | | | |
| 1 | Bioinformatics For Dummies, 2nd EditionBy Jean-Michel Claverie, Ph. D., Cedric Notredame, Ph.D. December 2006, 436pp, ISBN: 978-0-470-08985-9, JOHN WILEY. | | | |
| 1 | Biyoenformatik 1 dizi kIyaslamalarI, Jens Allmer, Eylül 2012, Nobel Akademik YayIncIlIk | | | |
| Ölçme Yöntemi | | Yöntem | Hafta | Tarih | Süre (Saat) | Katkı (%) | | Arasınav | 9 | | 1 | 35 | | Ödev | 15 | | 1 | 15 | | Dönem sonu sınavı | 16 | | 1 | 50 | | |
| Öğrenci Çalışma Yükü | | İşlem adı | Haftalık süre (saat) | Hafta sayısı | Dönem toplamı | | Yüz yüze eğitim | 3 | 15 | 45 | | Sınıf dışı çalışma | 1 | 16 | 16 | | Laboratuar çalışması | 1 | 8 | 8 | | Arasınav için hazırlık | 2 | 1 | 2 | | Arasınav | 1 | 12 | 12 | | Dönem sonu sınavı için hazırlık | 2 | 16 | 32 | | Dönem sonu sınavı | 2 | 1 | 2 | | Toplam Çalışma Yükü | | | 117 |
|