|
|
| MBG2020 | Biyoinformatik | 2+2+0 | AKTS:5 | | Yıl / Yarıyıl | Bahar Dönemi | | Ders Duzeyi | Lisans | | Yazılım Şekli | Zorunlu | | Bölümü | MOLEKÜLER BİYOLOJİ ve GENETİK BÖLÜMÜ | | Ön Koşul | Yok | | Eğitim Sistemi | Yüz yüze , Uygulama | | Dersin Süresi | 14 hafta - haftada 2 saat teorik ve 2 saat uygulama | | Öğretim Üyesi | Prof. Dr. Yusuf BEKTAŞ | | Diğer Öğretim Üyesi | Yok | | Öğretim Dili | Türkçe | | Staj | Yok | | | | Dersin Amacı: | | Bu derste öğrencilerin biyoinformatik disiplini ile tanışmaları amaçlanmaktadır. Biyolojik verinin depolandığı veritabanları ile diğer biyolojik bilgi kaynaklarını tanıtmak, bu kaynaklardaki veriye erişmek, elde edilecek verinin analizi için kullanılabilecek güncel biyoinformatik yöntem ve araçları ve bu yöntemlerin ardında yatan temel prensipleri öğretmek bu dersin hedefleri arasındadır. |
| Öğrenim Kazanımları | PÖKK | ÖY | | Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler : | | | | ÖK - 1 : | Biyoinformatik alanının tanımı, kapsamı ve tarihçesi hakkında bilgi sahibi olur | 5 | 1, | | ÖK - 2 : | Çeşitli biyolojik veritabanları hakkında bilgi sahibi olur ve bu veritabanlarını tarayarak biyolojik veriye erişebilir | 5 | 1,4, | | ÖK - 3 : | İkili ve çoklu dizi hizalama algoritmaları ve skor matrikslerini tanır | 5 | 1,4, | | ÖK - 4 : | Benzerlik taramaları yapabilir ve sonuçlarını yorumlayabilir | 5 | 1,3,4, | | ÖK - 5 : | Gereksinimleri doğrultusunda kendi primerlerini tasarlayabilir | 5 | 1,4, | | ÖK - 6 : | Restriksiyon analizleri yapabilir | 5 | 1,4, | | ÖK - 7 : | Birincil ve ikincil protein veritabanlarını (protein dizi, domain/aile ve yapı veritabanları) tanır ve tarayabilir | 5 | 1,4, | | ÖK - 8 : | Proteinlerin fiziko-kimyasal özelliklerini ve translasyon sonrası modifikasyonlarını belirleyebilir | 5 | 1,4, | | PÖKK :Program öğrenim kazanımlarına katkı, ÖY : Ölçme ve değerlendirme yöntemi (1: Yazılı Sınav, 2: Sözlü Sınav, 3: Ev Ödevi, 4: Laboratuvar Çalışması/Sınavı, 5: Seminer / Sunum, 6: Dönem Ödevi / Proje),ÖK : Öğrenim Kazanımı | | |
| Moleküler biyoloji, genetik ve yakın alanlarda sıkça başvurulan veritabanlarına ulaşım, genler ve proteinlerin homolojinin karşılaştırılması, primer tasarlama, moleküler uygulamalar, restriksiyon haritası oluşturma, yapı tahmini, soy ağacı oluşturma. |
| |
| Haftalık Detaylı Ders Planı | | Hafta | Detaylı İçerik | Önerilen Kaynak | | Hafta 1 | Biyoinformatiğin Tanımı, Kapsamı ve Tarihçesi
| | | Hafta 2 | Biyolojik Veritabanları ve Bilgiye Erişim I, Biyolojik Veritabanları ve Bilgiye Erişim II, Dizilerin Toplanması ve Depolanması: Dizilerin Veritabanlarına Sunulması; Dizi Formatları
| | | Hafta 3 | Tek bir DNA dizini ile analizler
| | | Hafta 4 | Protein amino asit dizini veri tabanları | | | Hafta 5 | Tek bir protein amino asit dizini ile analizler
| | | Hafta 6 | Dizi veritabanlarında benzerlik araştırmaları | | | Hafta 7 | İki dizinin karşılaştırılması | | | Hafta 8 | Çoklu dizi hizalama | | | Hafta 9 | Arasınav
| | | Hafta 10 | Protein Analizleri | | | Hafta 11 | Proteinlerin 3-boyutlu Yapılarının Görüntülenmesi: RasMol, Swiss-PdbViewer | | | Hafta 12 | Primer Tasarlama (PCR İlkeleri; FASTPCR) | | | Hafta 13 | Restriksiyon Analizleri (Restriksiyon Enzimleri: Genel Bilgi; REBASE)
| | | Hafta 14 | Filogenetik ağaç oluşturma
| | | Hafta 15 | Genel değerlendirme
| | | Hafta 16 | Dönem Sonu Sınavı | | | |
| 1 | Biyoenformatik I Dizi Kıyaslamaları. JENS ALLMER Nobel Yayıncılık 2012 ISBN:978-605-133-297-0 | | | |
| 1 | Bioinformatics and Molecular Evolution. Higgs, Paul G. and Attwood, Teresa K. Blackwell Pub., Malden, MA, 2005. | | | 2 | Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Mount, D. W. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. | | | |
| Ölçme Yöntemi | | Yöntem | Hafta | Tarih | Süre (Saat) | Katkı (%) | | Arasınav | 9 | 1 | 2 | 30 | | Ödev | 7
15 | 1 | | 20 | | Dönem sonu sınavı | 16 | 1 | 3 | 50 | | |
| Öğrenci Çalışma Yükü | | İşlem adı | Haftalık süre (saat) | Hafta sayısı | Dönem toplamı | | Yüz yüze eğitim | 2 | 14 | 28 | | Sınıf dışı çalışma | 20 | 1 | 20 | | Arasınav için hazırlık | 30 | 1 | 30 | | Arasınav | 2 | 1 | 2 | | Ödev | 40 | 2 | 80 | | Dönem sonu sınavı için hazırlık | 30 | 1 | 30 | | Dönem sonu sınavı | 2 | 1 | 2 | | Toplam Çalışma Yükü | | | 192 |
|